Ngày 19/08/1991, UBND tỉnh Bà Rịa – Vũng Tàu ra quyết định thành lập Trường Phổ thông trung học chuyên Lê Quý Đôn. Cơ sở đầu tiên tại số 58 Trần Hưng Đạo, P1, TP. Vũng Tàu.

Sau 25 năm thành lập, trường vinh dự đón nhận Huân chương Lao động hạng Nhì vì những thành tích xuất sắc trong công tác giáo dục và đào tạo.

Từ ngày 1/1/2025, theo quy hoạch hành chính mới, trường tọa lạc tại Phường Phước Thắng (sáp nhập từ P11 và P12), tiếp tục sứ mệnh đào tạo nhân tài trong kỷ nguyên mới.